顯微圖像軟件是配備在顯微鏡上的軟件包，能實現實時圖像預覽、采集，進行圖像分析、處理（包括景深擴展、濾波、圖像增強）、二維三維測量、共定位分析、熒光去模糊等功能。在龐大的顯微領域，各種應用軟件有著它們不同的功能，主要有以下幾種分類：
1.專業軟件公司產品
    1）Metamorph軟件
    2）IPP軟件
    3）ImageJ（免費）
2.顯微鏡廠家標配軟件
    1）CellSense軟件-Olympus公司
    2）Axiovision軟件-Zeiss公司
    3）Leica Application Suite(LAS)軟件-Leica公司
    4）NIS-Elements軟件-Nikon公司
3.CCD廠家配備的軟件
    1）ProgRess CapturePro采圖與分析軟件（免費）德國耶拿公司
    2）INFINITY ANALYZE 軟件（免費）
    3）QCapture軟件（免費）Qimaging公司
4.顯微系統軟件包
    1）iQ Imaging 軟件-Andor公司
    2）Deltavision softWoRx軟件-Applied Precision公司
5.三維展示、處理軟件
    1）IPP的3D渲染和測量功能模塊Image-Pro Plus 3D-Media Cybernetics公司
    2）Imaris軟件-Bitplane公司
    3）Volocity軟件-Perkinelmer公司