在之前我們介紹過生物顯微鏡景深的概念，景深的大小是指（前）景深前界到（后）景深后界之間的距離。景深前界是指位于調焦物點前方，與鏡頭距離zui近的能夠清晰成像的物點所在的垂直平面。景深后界是指位于調焦物點之后的，與鏡頭距離zui遠的能夠清晰成像的物點所在的垂直表面。由景深前界到調焦物點的距離稱為前景深；由調焦物點到景深后界的距離稱為后景深。
    那么在使用生物顯微鏡時，如何使拍攝的圖像更加清晰，增強層次感，我們就需要注意在實際拍攝中影響景深的因素由強到弱可分為以下三種：
    1.在實際拍攝過程中 ，光圈是對景深影響zui為明顯的因素。在拍攝距離和鏡頭焦距不變的情況下，光圈越大，景深越小；反之，光圈越小，景深越大。為了有效控制拍攝景深，在攝像機的濾鏡轉盤上專門設置了灰鏡檔，并按照透光率的不同，分為三個檔位：1/4、1/16、1/64。在實際拍攝過程中，有時為了達到小景深效果需要使用大光孔，為了彌補開大光孔導致的曝光過度，可以將灰鏡加入光路中以阻擋過多的光量。
    2.焦距在光圈相同且拍攝距離相同的情況下，焦距越大，景深越小；反之，焦距越小，景深越大。而且，當鏡頭焦距短到一定程度時，其產生的影響景深的非常大的。比如魚眼鏡頭的景深就很大。正因為如此，當使用超廣角鏡頭進行拍攝時，由于可以有較大的景深，所以在跟拍運動物體時可以不必跟焦。
    3.拍攝距離也是一個很重要的因素，在光圈和焦距不變的情況下，拍攝距離越大，景深越大；反之，拍攝距離越小，景深越小。