理論上，任何光學系統都不能生成理想的像，因為客觀條件下，各類像差的存在影響了生物顯微鏡成像質量。除了像差之外，還有一些顯微鏡自身存在的因素影響顯微鏡的成像質量。主要有如下幾點：
    1）在使用生物顯微鏡時，被檢物體做的比較標準很重要。如：切片厚度是否太厚，蓋玻片是否符合國際標準等。
    2）生物顯微鏡物鏡按檔次可分為6～8個檔，zui常用的為平場消色差物鏡。如鏡頭檔次太低，則成像質量會下降。因此，建議選擇平場以上檔次物鏡。
    3）聚光鏡孔徑光欄盡量和物鏡的數值孔徑相符，才能得到zui佳的圖像分辨率。
    4）調焦系統作為機械部分的重要部件，調焦精度也非常重要。對于生物學初學者或剛接觸生物顯微鏡的操作者，熟練使用調調焦系統，能快速找到圖像并聚焦，提高工作效率。
    5）載物臺在觀察切片時，常做X、Y軸的移動。如：雙層機械移動臺，精度和穩定性較好，能在觀察顯微圖像時提供好的成像質量。
    6）非球面聚光鏡能提供非常均勻的照明光線，所觀察到的顯微圖像襯度極佳。
    7）視場光欄應根據觀察不同的被檢物體和物鏡倍率開啟到合適的位置，如開得過大或過小顯微圖像的視場亮度會受到影響。
    8）照明系統如采用溫度低，色溫較高的照明裝置，觀察到的是分辨率和銳利度極高的顯微圖像。
    9）采用科勒照明系統，能調節光學的中心像。科研級的生物顯微鏡均采用此系統，為鏡檢和專業數碼顯微成像系統，提供優質的顯微照片。