臨床病理和病理科研工作是密不可分的，同時，病理科研工作也有著自己的特點。
細胞計數
    病理圖像分析系統的應用，使得區域內細胞的絕對數和單位面積的細胞密度的計算成為一項簡單的工作。
免疫組化計算
    研究表明應用圖像分析技術對細胞核DNA含量進行定量分析，能較好地反映病理圖像與DNA倍體分析，結果與流式細胞儀測定結果非常接近。亦有學者用計算機圖像處理技術，對痰涂片中巴氏染色的角化性鱗癌細胞（KSCC）、非角化性鱗癌細胞（N KSCC）和腺癌細胞（ACC）胞漿進行了色度學定量分析，結果KSCC的紅、綠、藍色值顯著高于N KSCC和ACC，且差值較大，而灰度在各組間的差值則較小，KSCC與N KSCC，KSCC和ACC的色度差值較大，差異較為顯著，KSCC、N KSCC、ACC三組間飽和度差異顯著，KSCC明顯高于N KSCC和ACC，從而認為紅、綠、藍色值、色度、飽和度等描述圖像色彩指標在KSCC和N KSCC、KSCC與ACC的漸變中有重要價值，其分辨的敏感程度由于灰度圖像分析。免疫組化染色經DAB顯色后陽性細胞呈棕色，再經過蘇木素復染，將著一定的藍色，這會在一定程度上影響對染色的判定。采用對媒體彩色圖像分析系統進行定量分析，分別測定紅、綠、藍三種顏色的色值，可用來區分細胞對不同顏色的著色程度，并可通過三基色色值或計算色度、飽和度、灰度來對細胞呈現的色彩進行定量描述。本研究結果顯示，對同一組織類型、同是免疫組化染色陽性的肺癌細胞，一些反映著色色彩的指標在不同分化程度之間確實存在著差別，這種差別單純應用定性指標或形態學指標無法充分顯示，圖像分析技術則可彌補這一不足。
    以前，對于免疫組化中強陽性、中陽性、弱陽性的計算是不可能的，現在，病理圖像分析系統的應用，是的這份工作變得十分輕松，對于科研工作中的比較有著重大意義。病理圖像分析系統的應用，極大地豐富了病理科研工作的方法，使得病理工作人員的思路開闊了許多，使得一些原來不可能的工作如：腺體形態計算、DNA計算、AGNOR計算變得簡單起來。